Desde 2021, la Universidad Santo Tomás y Ecopetrol han trabajado en conjunto mediante un convenio de cooperación que incluye el proyecto de captura de carbono en sistemas agroforestales de cacao. El logro más destacado de este proyecto es el desarrollo de un protocolo especializado en cuantificación y monitoreo de carbono, que ha permitido una reducción validada de 751.8 toneladas de CO2 al año desde 2015 hasta 2023.

En 2021 la Universidad Santo Tomás Seccional Bucaramanga y Ecopetrol mediante el Centro de Innovación y Tecnología del Instituto Colombiano de Petróleos (ICP), firmaron un convenio marco de cooperación que ha favorecido el fortalecimiento de sus relaciones. En una primera fase investigativa del convenio, se observan avances en temáticas de energías renovables, no renovables, agroindustria y servicios ecosistémicos que contribuyen al fortalecimiento de las capacidades del país en cuanto a mitigación del cambio climático. Dichos aspectos fueron el foco de las investigaciones adelantadas en el primer acuerdo entre las dos institucionales.